ADF

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Introduction

La suite logicielle ADF (Amsterdam Density Functional) fournit des applications très performantes pour la recherche en chimie computationnelle, notamment dans les domaines de la catalyse (homogène et hétérogène), la chimie inorganique, la chimie des éléments lourds, la biochimie et différents types de spectroscopie.

Les produits suivants sont disponibles :

  • ADF
  • ADF-GUI
  • BAND
  • BAND-GUI
  • DFTB
  • ReaxFF
  • COSMO-RS
  • QE-GUI
  • NBO6

ADF sur Graham

ADF et BAND sont installés uniquement sur Graham en raison de restrictions liées à l'octroi des licences. Pour connaître les versions disponibles, utilisez la commande module spider adf, par exemple

[name@server $] module spider adf

Pour les commandes en rapport avec les modules, voyez Utiliser des modules.

Soumettre une tâche

Les tâches soumises sur Graham sont ordonnancées par Slurm; pour les détails, consultez Exécuter des tâches.

Tâche unique

Le script suivant utilise un nœud entier; l'avant-dernière ligne charge le module adf/2017.207 et la dernière ligne appelle ADF directement.

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=32  # 1 node with 32 cpus, you can modify it
#SBATCH --mem=0                         # request all memory on node
#SBATCH --time=00-03:00                 # time (DD-HH:MM)
#SBATCH --output=adf_test-%j.log        # output file

module load adf/2017.207
ADF adf_test.inp


adf_test.inp est un exemple de fichier d’entrée.

File : adf_test.inp

Title WATER Geometry Optimization with Delocalized Coordinates

 Atoms
    O             0.000000     0.000000     0.000000
    H             0.000000    -0.689440    -0.578509
    H             0.000000     0.689440    -0.578509
 End

 Basis
 Type TZP
 Core Small
 End

 Geometry
  Optim Deloc
  Converge 0.0000001
 End

 End Input



Tâche multiple avec un seul fichier d'entrée

Plusieurs calculs peuvent être groupés dans une même tâche avec un script semblable à celui-ci :

File : GO_H2O.run

#!/bin/bash
if test -z "$SCM_TESTOUTPUT" ; then SCM_TESTOUTPUT=GO_H2O.out; fi

$ADFBIN/adf << eor > $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization with Delocalized Coordinates

Atoms
   O             0.000000     0.000000     0.000000
   H             0.000000    -0.689440    -0.578509
   H             0.000000     0.689440    -0.578509
End

Basis
Type TZP
Core Small
End

Geometry
 Optim Deloc
 Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization in Cartesians with new optimizer

Atoms
    O             0.000000     0.000000     0.000000
    H             0.000000    -0.689440    -0.578509
    H             0.000000     0.689440    -0.578509
End

Basis
 Type TZP
 Core Small
End

Geometry
  Optim Cartesian
  Branch New
  Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization with Internal Coordinates

Atoms    Z-Matrix
 1. O   0 0 0
 2. H   1 0 0   rOH
 3. H   1 2 0   rOH  theta
End

Basis
 Type TZP
 Core Small
End

GeoVar
 rOH=0.9
 theta=100
End
Geometry
  Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER   optimization with (partial) specification of Hessian

Atoms    Z-Matrix
 1. O   0 0 0
 2. H   1 0 0   rOH
 3. H   1 2 0   rOH  theta
End

GeoVar
 rOH=0.9
 theta=100
End
HessDiag  rad=1.0  ang=0.1

Fragments
 H   t21.H
 O   t21.O
End

Geometry
  Converge 0.0000001
End

End Input
eor

rm TAPE21 logfile
$ADFBIN/adf << eor >> $SCM_TESTOUTPUT
Title WATER Geometry Optimization in Cartesians

Geometry
  Optim Cartesian
  Converge 0.0000001
End

Define
 rOH=0.9
 theta=100
End

Atoms    Z-Matrix
 1. O   0 0 0
 2. H   1 0 0   rOH
 3. H   1 2 0   rOH theta
End

Fragments
 H   t21.H
 O   t21.O
End

End Input
eor

mv TAPE21 H2O.t21


Le script suivant est identique à celui utilisé pour une tâche unique (mysub.sh), à l’exception de la dernière ligne qui appelle le script GO_H2O.run plutôt que d’appeler ADF directement.

File : GO_H2O.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=32  # 1 node with 32 cpus, you can modify it
#SBATCH --mem=0                         # request all memory on node
#SBATCH --time=00-03:00                 # time (DD-HH:MM)
#SBATCH --output=GO_H2O_%j.log          # output file

module load adf/2017.207
bash GO_H2O.run                            # run the shell script



Exemples

Pour des exemples d’entrée/sortie pour ADF, voyez sur Graham

/home/jemmyhu/tests/test_ADF/2017.207/test_adf/

Pour des exemples de fichiers .inp et .sh avec BAND, voyez sur Graham

/home/jemmyhu/tests/test_ADF/2017.207/test_band

ADF-GUI sur Graham

Avec des applications comme ADF-GUI, la redirection X11 via une connexion SSH exige beaucoup de temps pour produire les rendus. Nous recommandons de vous connecter avec VNC.

Voyez un exemple de comment installer, se connecter et utiliser ADF-GUI avec TigerVNC dans ce document.

Exécuter ADF-GUI localement

Vous pouvez acheter votre propre licence pour utiliser ADF-GUI sur un ordinateur local; contactez SCM à l'adresse license@scm.com.