AMS

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Introduction

AMS (Amsterdam Modeling Suite), est la nouvelle appellation de ADF (Amsterdam Density Functional) et fait partie de la suite SCM Software for Chemistry and Materials. AMS offre des outils très performants pour la recherche en chimie computationnelle, notamment dans les domaines de la catalyse (homogène et hétérogène), la chimie inorganique, la chimie des éléments lourds, la biochimie et différents types de spectroscopie.

Tous les produits du module SCM sont disponibles :

  • ADF
  • ADF-GUI
  • BAND
  • BAND-GUI
  • DFTB
  • ReaxFF
  • COSMO-RS
  • QE-GUI
  • NBO6

Utiliser AMS sur Graham

Le module ams est seulement installé sur Graham en raison de restrictions liées à l'octroi des licences. Pour connaître les versions disponibles, lancez la commande

[name@server $] module spider ams

Pour les commandes en rapport avec les modules, voyez Utiliser des modules.

Soumettre une tâche

Les tâches soumises sur Graham sont ordonnancées par Slurm; pour les détails, consultez Exécuter des tâches.

Exemples de scripts pour des tâches adf

Le script H2O_adf.sh utilise un nœud entier.

File : H2O_adf.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-pi
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=32          # 1 node with all 32 cpus, MPI job
#SBATCH --mem=0                       # request all memory on node
#SBATCH --time=00-01:00               # time (DD-HH:MM)
#SBATCH --output=H2O_adf-%j.log       # output .log file

module unload openmpi
module load ams/2020.102
bash H2O_adf.run                    # run the input script


Le fichier en entrée ci-dessous est utilisé dans le script.

File : H2O_adf.run

#!/bin/sh
# This is a shell script for AMS2020
# You should use '$AMSBIN/ams' instead of '$ADFBIN/adf'

AMS_JOBNAME=H2O_adf $AMSBIN/ams <<eor
   # Input options for the AMS driver:
   System
      Atoms
         O             0.000000     0.000000     0.000000
         H             0.000000    -0.689440    -0.578509
         H             0.000000     0.689440    -0.578509
      End
   End
   Task GeometryOptimization
   GeometryOptimization
      Convergence gradients=1e-4
   End

   # The input options for ADF, which are described in this manual,
   # should be specified in the 'Engine ADF' block:

   Engine ADF
      Basis
         Type TZP
      End
      XC
         GGA PBE
      End
   EndEngine
eor


Exemples de scripts pour une tâche band

File : SnO_EFG_band.run

#!/bin/sh
# The calculation of the electric field gradient is invoked by the EFG key block
# Since Sn is quite an heavy atom we use the scalar relativistic option.

$AMSBIN/ams <<eor

Task SinglePoint
System
   FractionalCoords True

   Lattice
      3.8029  0.0  0.0
      0.0  3.8029  0.0
      0.0  0.0  4.8382
   End

   Atoms
      O   0.0  0.0  0.0
      O   0.5  0.5  0.0
      Sn  0.0  0.5  0.2369
      Sn  0.5  0.0 -0.2369
   End
End

Engine Band
   Title SnO EFG
   NumericalQuality Basic      ! Only for speed
   Tails bas=1e-8              ! Only for reproducibility with nr. of cores
   ! useful for Moessbauer spectroscopy: density and coulomb pot. at nuclei
   PropertiesAtNuclei
   End

   EFG
      Enabled True
   End

   Basis
      Type DZ
      Core none
   End
EndEngine
eor


Le script suivant est semblable à H2O_adf.sh, sauf qu'il n'utilise pas un nœud entier.

File : SnO_EFG_band.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-pi
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks-per-node=16     # a 16 cpus MPI job
#SBATCH --mem-per-cpu=3G         # memory; 3G per cpu in this example
#SBATCH --time=00-10:00          # time (DD-HH:MM)
#SBATCH --output=SnO_EFG_band-%j.log

module unload openmpi
module load ams/2020.102
bash SnO_EFG_band.run                 # run the input file


Remarques

  1. Le fichier en entrée pour AMS est différent de celui pour ADF; le fichier en entrée précédent pour ADF ne fonctionnera pas avec le nouveau AMS. Vous trouverez des exemples dans /opt/software/ams/2020.102/examples/.
  2. À l'exception du fichier en sortie .log file, les fichiers sont tous sauvegardés dans le sous-répertoire AMS_JOBNAME.results. Si AMS_JOBNAME n'est pas défini dans le fichier en entrée .run file, le nom par défaut sera ams.results.
  3. Le nom du fichier de point de sauvegarde est ams.rkf plutôt que TAPE13 dans les versions ADF précédentes.

Pour plus d'information, consultez SCM Support

Utiliser AMS-GUI

Avec des applications comme AMS-GUI, la redirection X11 via une connexion SSH exige beaucoup de temps pour produire les rendus. Nous recommandons de vous connecter avec VNC.

Graham

Sur un nœud de calcul de Graham, AMS peut être utilisé interactivement en mode graphique avec TigerVNC pour une durée maximale de 3 heures.

  1. Installez un client TigerVNC sur votre ordinateur.
  2. Connectez-vous à un nœud de calcul avec vncviewer.
  3. module load ams
  4. amsinput

Gra-vdi

Sur gra-vdi, AMS peut être utilisé interactivement en mode graphique avec TigerVNC, sans limite de durée.

  1. Installez un client TigerVNC sur votre ordinateur.
  2. Connectez-vous à gra-vdi.computecanada.ca avec vncviewer.
  3. module load SnEnv
  4. module load clumod
  5. module load ams
  6. amsinput