BUSCO

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BUSCO (pour Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) est une application qui permet d'évaluer la complétude de l'assemblage et de l'annotation de génomes. Pour plus d’information, consultez le manuel de l'utilisateur.

Versions disponibles

La version 3.0.2 est un module sur cvmfs et accessible sur toutes les grappes; les renseignements sur comment l'utiliser sont montrés ci-dessous. Il est possible d'installer localement les versions plus récentes en utilisant un environnement virtuel comme suit :

  [name@server ~]$ ~ $ module load python/3.7.4
~ $ git clone https://gitlab.com/ezlab/busco.git
~ $ virtualenv /home/$USER/busco_env
~ $ source /home/$USER/busco_env/bin/activate
(busco_env) [~]$ pip install Biopython
(busco_env) [~]$ cd ~/busco
(busco_env) [~]$ python setup.py install
(busco_env) [~]$ cp -r scripts test_data /home/$USER/busco_env/


et ajoutez home/$USER/busco_env/scripts au chemin.

Utilisation

1. Chargez les modules nécessaires.

Question.png
[name@server ~]$ module load gcc/5.4.0 busco/3.0.2 blast+/2.6.0 hmmer/3.1b2 augustus/3.2.3/ emboss/6.6.0 r/3.5.0

2. Copiez le fichier de paramètres.

Question.png
[name@server ~]$ cp -v $EBROOTBUSCO/config/config.ini.default $HOME/busco_config.ini

ou

Question.png
[name@server ~]$ wget -O $HOME/busco_config.ini https://gitlab.com/ezlab/busco/raw/master/config/config.ini.default

3. Modifier le fichier de paramètres. Les chemins pour les outils externes sont situés à la fin de ce fichier; nous en reproduisons le contenu ici :

File : partial_busco_config.ini

[tblastn]
# path to tblastn
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/blast+/2.6.0/bin

[makeblastdb]
# path to makeblastdb
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/blast+/2.6.0/bin

[augustus]
# path to augustus
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/augustus/3.2.3/bin

[etraining]
# path to augustus etraining
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/augustus/3.2.3/bin

# path to augustus perl scripts, redeclare it for each new script
[gff2gbSmallDNA.pl]
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/augustus/3.2.3/scripts
[new_species.pl]
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/augustus/3.2.3/scripts
[optimize_augustus.pl]
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/augustus/3.2.3/scripts

[hmmsearch]
# path to HMMsearch executable
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/hmmer/3.1b2/bin

[Rscript]
# path to Rscript, if you wish to use the plot tool
path = /cvmfs/soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/Compiler/gcc5.4/r/3.5.0/bin


4. Copiez le répertoire de configuration d’Augustus à un endroit accessible en écriture.

Question.png
[name@server ~]$ cp -r $EBROOTAUGUSTUS/config $HOME/augustus_config

5. Testez l'installation.

  [name@server ~]$ export BUSCO_CONFIG_FILE=$HOME/busco_config.ini
  [name@server ~]$ export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=$HOME/augustus_config
  [name@server ~]$ run_BUSCO.py --in $EBROOTBUSCO/sample_data/target.fa --out TEST --lineage_path $EBROOTBUSCO/sample_data/example --mode genome


Dépannage

Cannot write to Augustus config path

Vérifiez que le fichier de configuration se trouve à un endroit accessible en écriture et que la variable AUGUSTUS_CONFIG_PATH a bien été définie.