Cedar

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Disponibilité : depuis le 30 juin dans le cadre du concours d'allocation des ressources 2017
Nœud frontal (login node) : cedar.computecanada.ca
Point de chute GlobusGlobus is a file transfer service [https://www.globus.org/] : computecanada#cedar
État de la grappe : https://www.westgrid.ca/support/system_status

Cedar est une grappe hétérogène adaptée pour une grande variété de types de tâches; elle est située à l'Université Simon-Fraser. Elle est nommée en l'honneur du cèdre de l'Ouest, l'arbre officiel de la Colombie-Britannique dont la signification spirituelle est importante pour les Premières Nations de la région. La grappe était précédemment connue sous le nom de GP2 et est encore identifiée comme telle dans la documentation pour le concours d'allocation de ressources 2017.

La grappe Cedar est vendue et supportée par Scalar Decisions; le fabricant des nœuds est Dell; le stockage parallèle de haute performance (scratch) est fourni par DDN; la réseautique provient d'Intel. Un système de refroidissement liquide utilise des échangeurs de chaleur à même les portes à l'arrière.

Voyez de courtes vidéos sur les notions de base pour l'utilisation de Cedar.

Stockage

espace home
volume total 250To
espace scratch,
volume total 3.7Po
système de fichiers parallèle de haute performance
  • stockage scratch actif ou temporaire
  • non alloué
  • grand quota fixe, par utilisateur
  • les données inactives sont purgées
espace projet
volume total 10Po
stockage persistant externe

Le stockage temporaire (scratch) est un système de fichiers Lustre basé sur la technologie DDN, modèle ES14K. Il est composé de 640 disques NL-SAS de 8To chacun, avec un double contrôleur de métadonnées dont les disques sont des SSD.

Réseautique haute performance

Réseautique Intel OmniPath (version 1, bande passante de 100Gbit/s).

Une réseautique à faible latence et haute performance pour tous les nœuds de calcul et le stockage temporaire.

L'architecture a été planifiée pour supporter de multiples tâches parallèles jusqu'à 1024 cœurs Broadwell (32 nœuds) ou 1536 cœurs Skylake(32 nœuds)grâce à une réseautique non-blocante. Pour les tâches de plus de 1024 cœurs, le réseau a un facteur de blocage de 2:1. Même pour les tâches de plusieurs milliers de cœurs, Cedar est une bonne option.

Types et caractéristiques des nœuds

Cedar offre 58,416 cœurs CPU pour le calcul et 584 GPU.

Nombre Type de nœud Cœurs Mémoire disponible Matériel
576 base "128G" 32 125G ou 128000M deux Intel E5-2683 v4 "Broadwell" de 2.1Ghz
128 large "256G" 32 250G ou 257000M (même que base)
24 large "512G" 32 502G ou 515000M (même que base)
24 bigmem1500 "1.5T" 32 1510G ou 1547000M (même que base)
4 bigmem3000 "3T" 64 3022G ou 3095000M quatre Intel E7-4809 v4 "Broadwell" de 2.1Ghz
114 base GPU 24 125G ou 128000M deux E5-2650 v4 de 2.2GHz + quatre GPU NVIDIA P100 Pascal (mémoire de 12Go HBM2)
32 large GPU 24 250G ou 257000M deux E5-2650 v4 de 2.2GHz + quatre GPU NVIDIA P100 Pascal (mémoire de 16Go HBM2)
640 Skylake 48 187G ou 192000M deux Intel Platinum 8160F "Skylake" de 2.1Ghz

Remarquez que la quantité de mémoire disponible est moindre que la valeur arrondie suggérée par la configuration matérielle. Par exemple, les nœuds de type base 128G ont effectivement 128Gio de mémoire vive, mais une certaine quantité est utilisée en permanence par le noyau (kernel) et le système d'exploitation. Pour éviter la perte de temps encourue par le swapping ou le paging, l'ordonnanceur n'allouera jamais une tâche dont les exigences dépassent la quantité de mémoire disponible indiquée dans le tableau ci-dessus.

Tous les nœuds ont de l'espace de stockage local temporaire. Les nœuds GPU ont un disque SSD de 800Go et tous les autres ont deux disques SSD de 480Go pour une capacité totale de 960Go. Pour accéder le stockage local pour le nœud, il est recommandé d'utiliser le répertoire temporaire $SLURM_TMPDIR créé par l'ordonnanceur à cet effet; consultez Exécuter des tâches.

Sélectionner un type de nœud

La plupart des applications peuvent être exécutées sur les nœuds Broadwell et Skylake et la différence en performance ne devrait pas être significative en comparaison des temps d'attente. Nous vous recommandons de ne pas spécifier le type de nœud pour vos tâches. Par contre, s'il est nécessaire de demander un type particulier, utilisez --constraint=skylake ou --constraint=broadwell; consultez Sélectionner une architecture CPU.

Performance

Cedar a en théorie un total de 58 416 cœurs CPU de calcul et 584 accélérateurs GPU. La performance théorique maximale en double précision est de 936 teraflops pour les CPU auxquels s'ajoutent 2744 teraflops pour les GPU, pour un total de 3.6 petaflops. Il y a 22 ilots de 32 nœuds complètement connectés par une interconnexion non-blocante (Omni-Path fabric), chacun avec un total de 1024 cœurs; chaque ilot devrait générer plus de 30 teraflops de performance double précision mesurée. Il y a un facteur de blocage de 2:1 entre les ilots de 1024 cœurs. Les nœuds Skylake sont répartis sur 20 ilots non-blocants de 32 nœuds, chacun offrant 1536 cœurs.