FEniCS/fr

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FEniCS est une plateforme de logiciels libres pour la solution d'équations aux dérivées partielles.

Puisque la plateforme peut être construite avec diverses extensions, vous avez le choix entre

  • l'installation dans un environnement virtuel,
  • l'utilisation d'un conteneur Singularity.

Installation dans un environnement virtuel

Les directives suivantes installent la version 2019.1.0.

Vous pouvez exécuter le script ci-dessous en le copiant sur la grappe que vous utilisez, en lançant bash fenics-install.sh.

À l'installation, vous serez averti qu'un nouveau répertoire sera créé pour l'application, ou que le répertoire sera remplacé si l'application s'y trouve déjà et des directives d'usage seront affichées quand l'installation sera terminée. Le script peut être modifié pour spécifier un répertoire différent.


File : fenics-install.sh

#!/bin/bash

set -e

FENICS_INSTALL=${HOME}/fenics
FENICS_VERSION=2019.1.0
PYBIND11_VERSION=2.2.3
MODULES="hdf5-mpi/1.8.18\
 boost\
 eigen\
 python/3.6\
 scipy-stack/2017b\
 mpi4py/3.0.0\
 petsc/3.7.5\
 scotch/6.0.6\
 fftw-mpi/3.3.6\
 ipp/9.0.4"


module load $MODULES

main () {
    warning_install
    make_fenics_directory
    download_py_packages $FENICS_VERSION
    make_py_packages
    make_pybind11
    make_dolfin
    print_instructions
}

warning_install () {
    echo "---------------------------------------------------------------"
    echo "WARNING: THE FENICS/DOLFIN INSTALL WILL WIPE OUT THIS DIRECTORY"
    echo "     $FENICS_INSTALL "
    echo
    echo "IF YOU DON'T WANT THIS TO HAPPEN, PRESS CTRL-C TO ABORT"
    echo "PRESS ANY KEY TO CONTINUE"
    echo "---------------------------------------------------------------"
    read -n 1
}

print_instructions () {
    echo "---------------------------------------------------------------"
    echo "TO USE FENICS/DOLFIN, YOU NEED TO DO:"
    echo
    echo "module load $MODULES"
    echo "source $FENICS_INSTALL/bin/activate"
    echo "source $FENICS_INSTALL/share/dolfin/dolfin.conf"
    echo "---------------------------------------------------------------"
}

make_fenics_directory () {
    rm -rf $FENICS_INSTALL
    mkdir -p $FENICS_INSTALL && cd $FENICS_INSTALL
}

download_py_packages () {
    version=$1
    cd $FENICS_INSTALL
    git clone --branch=$version https://bitbucket.org/fenics-project/fiat.git
    git clone --branch=$version https://bitbucket.org/fenics-project/dijitso.git
    git clone --branch=$version https://bitbucket.org/fenics-project/ufl.git
    git clone --branch=$version https://bitbucket.org/fenics-project/ffc.git
    git clone --branch=$version https://bitbucket.org/fenics-project/dolfin.git
    git clone --branch=$version https://bitbucket.org/fenics-project/mshr.git
    git clone --branch=v$PYBIND11_VERSION \
        https://github.com/pybind/pybind11.git

    chmod u+w ~/fenics/*/.git/objects/pack/*

    mkdir -p $FENICS_INSTALL/pybind11/build
    mkdir -p $FENICS_INSTALL/dolfin/build
    mkdir -p $FENICS_INSTALL/mshr/build
}

make_pybind11 () {
    cd $FENICS_INSTALL/pybind11/build

    source $FENICS_INSTALL/bin/activate

    cmake -DPYBIND11_TEST=off \
          -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/fenics \
          -DPYBIND11_CPP_STANDARD=-std=c++11 ..
    nice make -j8 install
}

make_py_packages () {
    cd $FENICS_INSTALL
    virtualenv --no-download $FENICS_INSTALL
    source $FENICS_INSTALL/bin/activate
    pip3 install ply
    pip3 install numpy
    cd $FENICS_INSTALL/fiat    && pip3 install .
    cd $FENICS_INSTALL/dijitso && pip3 install .
    cd $FENICS_INSTALL/ufl     && pip3 install .
    cd $FENICS_INSTALL/ffc     && pip3 install .
}

make_dolfin () {
    cd $FENICS_INSTALL/dolfin/build

    source $FENICS_INSTALL/bin/activate

    cmake .. -DDOLFIN_SKIP_BUILD_TESTS=true \
          -DEIGEN3_INCLUDE_DIR=$EBROOTEIGEN/include \
          -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/fenics \
          -DCMAKE_SKIP_RPATH=ON \
          -DRT_LIBRARY=$EBROOTNIXPKGS/lib64/librt.so \
          -DHDF5_C_LIBRARY_dl=$EBROOTNIXPKGS/lib64/libdl.so \
          -DHDF5_C_LIBRARY_m=$EBROOTNIXPKGS/lib64/libm.so \
          -DHDF5_C_LIBRARY_pthread=$EBROOTNIXPKGS/lib64/libpthread.so \
          -DHDF5_C_LIBRARY_z=$EBROOTNIXPKGS/lib/libz.so \
          -DLIB_ifcore_pic=$EBROOTIFORT/lib/intel64/libifcore.so \
          -DLIB_ipgo=$EBROOTIPP/lib/intel64/libipgo.a \
          -DLIB_decimal=$EBROOTIPP/lib/intel64/libdecimal.a \
          -DLIB_irc_s=$EBROOTIPP/lib/intel64/libirc_s.a -DSCOTCH_DIR=$EBROOTSCOTCH -DSCOTCH_LIBRARIES=$EBROOTSCOTCH/lib -DSCOTCH_INCLUDE_DIRS=$EBROOTSCOTCH/include

    nice make -j 8 install
    cd $FENICS_INSTALL/dolfin/python && pip3 install .
}


main



Plugiciels

Installez d'abord FEniCS en suivant les directives ci-dessus.

mshr

File : mshr_install.sh

module load hdf5-mpi/1.8.18 boost eigen python/3.5 scipy-stack/2017b petsc/3.7.5 fftw-mpi/3.3.6

export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/$USER/software/dolfin/share/dolfin/cmake/:$CMAKE_PREFIX_PATH

git clone https://bitbucket.org/fenics-project/mshr.git
cd mshr
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/software/mshr   -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_SKIP_RPATH=ON -DCMAKE_PREFIX_PATH=$NIXUSER_PROFILE:$CMAKE_PREFIX_PATH -DEIGEN3_INCLUDE_DIR=$EBROOTEIGEN/include 

make
make install


Ensuite, exécutez


File : fenics_mshr_run.sh

module load hdf5-mpi/1.8.18 boost eigen python/3.5 scipy-stack/2017b petsc/3.7.5 fftw-mpi/3.3.6
source ~/software/dolfin/share/dolfin/dolfin.conf
source ~/fenics/bin/activate
export PYTHONPATH=$HOME/software/mshr/lib/python3.5/site-packages:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/software/mshr/lib:$LD_LIBRARY_PATH


Utilisation d'un contenant Singularity

Le pilote Singularity Recipe télécharge l'image FEniCS Docker, l'installe et télécharge des paquets additionnels comme Python par exemple. Exécutez le pilote sur votre ordinateur où Singularity est installé sous Linux et où vous avez toutes les permissions.

Utilisez la commande

 sudo singularity build FEniCS.simg FEniCS-ComputeCanada-Singularity-Recipe

Téléversez ensuite FEniCS.simg dans votre compte. L'image FEniCS Docker place plusieurs fichiers dans FEniCS.simg.


File : FEniCS-ComputeCanada-Singularity-Recipe

Bootstrap: docker
From: quay.io/fenicsproject/stable:latest

%post
  sudo apt-get -qq update
  sudo apt-get -y upgrade
  sudo apt-get -y install python-bitstring python3-bitstring
  sudo apt-get -y install python-certifi python3-certifi
  sudo apt-get -y install python-cryptography python3-cryptography
  sudo apt-get -y install python-cycler python3-cycler
  sudo apt-get -y install cython cython3
  sudo apt-get -y install python-dateutil python3-dateutil
  sudo apt-get -y install python-deap python3-deap
  sudo apt-get -y install python-decorator python3-decorator
  sudo apt-get -y install python-ecdsa python3-ecdsa
  sudo apt-get -y install python-ecdsa python3-ecdsa
  sudo apt-get -y install python-enum34
  sudo apt-get -y install python-funcsigs python3-funcsigs
  sudo apt-get -y install ipython ipython3 python-ipython-genutils python3-ipython-genutils
  sudo apt-get -y install python-jinja2 python3-jinja2
  sudo apt-get -y install python-jsonschema python3-jsonschema
  sudo apt-get -y install python-lockfile python3-lockfile
  sudo apt-get -y install python-markupsafe python3-markupsafe
  sudo apt-get -y install python-matplotlib python3-matplotlib
  sudo apt-get -y install python-mistune python3-mistune
  sudo apt-get -y install python-mock python3-mock
  sudo apt-get -y install python-mpmath python3-mpmath
  sudo apt-get -y install python-netaddr python3-netaddr
  sudo apt-get -y install python-netifaces python3-netifaces
  sudo apt-get -y install python-nose python3-nose
  sudo apt-get -y install ipython-notebook ipython3-notebook
  sudo apt-get -y install python-numpy python3-numpy
  sudo apt-get -y install python-pandas python3-pandas
  sudo apt-get -y install python-paramiko python3-paramiko
  sudo apt-get -y install python-path python3-path
  sudo apt-get -y install python-pathlib
  sudo apt-get -y install python-pbr python3-pbr
  sudo apt-get -y install python-pexpect python3-pexpect
  sudo apt-get -y install python-pickleshare python3-pickleshare
  sudo apt-get -y install python-prompt-toolkit python3-prompt-toolkit
  sudo apt-get -y install python-ptyprocess python3-ptyprocess
  sudo apt-get -y install python-pycryptopp
  sudo apt-get -y install python-pygments python3-pygments
  sudo apt-get -y install python-pyparsing python3-pyparsing
  sudo apt-get -y install python-zmq python3-zmq
  sudo apt-get -y install python-requests python3-requests
  sudo apt-get -y install python-scipy python3-scipy
  sudo apt-get -y install python-setuptools python3-setuptools
  sudo apt-get -y install python-simplegeneric python3-simplegeneric
  sudo apt-get -y install python-singledispatch python3-singledispatch
  sudo apt-get -y install python-six python3-six
  sudo apt-get -y install python-sympy python3-sympy
  sudo apt-get -y install python-terminado python3-terminado
  sudo apt-get -y install python-tornado python3-tornado
  sudo apt-get -y install python-traitlets python3-traitlets
  sudo apt-get -y install automake git-core libopenmpi-dev libtool mercurial openmpi-bin 
  sudo apt-get -y install python3-pip python3-venv

  # Clean up downloaded and temporary files...
  sudo apt-get clean
  sudo rm -rf /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/*