Foire aux questions

Mot de passe oublié

Pour réinitialiser votre mot de passe pour accéder aux grappes nationales de l'Alliance, cliquez sur https://ccdb.computecanada.ca/security/forgot. Il vous est impossible de réinitialiser votre mot de passe tant que votre premier rôle n'est pas approuvé.

Copier-coller

Dans un terminal Linux, vous ne pouvez pas utiliser [Ctrl]+C pour copier du texte parce [Ctrl]+C signifie Annuler (Cancel) ou Interrompre (Interrupt) et met fin au programme en cours d'exécution.

Sous Windows et Linux dans la plupart des cas, vous pouvez utiliser plutôt [Ctrl]+[Insert] pour copier et [Shift]+[Insert] pour coller, selon votre programme de terminal. Sous macOS, utilisez [Cmd]+C et [Cmd]+V comme à l'habitude.

Selon le logiciel de terminal utilisé, sélectionnez simplement le texte pour l'entrer dans le presse-papiers et collez-le ensuite avec un clic de droite ou un clic du milieu (dépendant du paramétrage par défaut).

Fichiers texte ː caractère en fin de ligne

Les systèmes d'exploitation ont des conventions différentes pour signaler la fin de ligne dans un fichier texte brut ASCII. Sous Windows, chacune des lignes se termine par un caractère retour de chariot invisible, ce qui entraîne certains problèmes lorsque le fichier est lu dans un environnement Linux. Pour contrer ceci, vous pouvez

• créer et éditer les fichiers texte sur la grappe en utilisant un éditeur standard Linux comme emacs, vim ou nano;
• avec des fichiers texte Windows, lancer la commande dos2unix <filename> sur un nœud de connexion pour convertir les caractères de fin de ligne au format approprié.

Lenteur de sauvegarde avec mon éditeur

Emacs

Pour sauvegarder les fichiers, Emacs utilise l'appel système fsync pour diminuer le risque de perte de données en cas de panne du système. Cet ajout de fiabilité a cependant un inconvénient : plusieurs secondes sont quelquefois nécessaires pour sauvegarder un petit fichier dans un système de fichiers partagé (par exemple home, scratch, project) sur une de nos grappes. Si ce ralentissement nuit à votre travail, vous pouvez améliorer la performance en ajoutant la ligne suivante à votre fichier~/.emacs :

(setq write-region-inhibit-fsync t)

Pour plus d'information, voir Customize save in Emacs

Transferts entre les systèmes de fichiers /scratch, /home et /project

Sur nos grappes d'usage général, les quotas pour /scratch et /home sont par utilisateur, alors qu'ils sont par projet pour le système de fichiers /project. Comme les quotas pour le système de fichiers Lustre sont présentement basés sur le groupe propriétaire des fichiers, il faut s'assurer que les fichiers soient associés au bon groupe.

• Pour /scratch et /home, le bon groupe est typiquement le groupe qui possède le même nom que votre nom d'utilisateur.
• Pour /project, le nom du groupe a la forme prefix-piusername, où prefix est un de def, rrg ou rpp.

De /scratch vers /home

Puisque les quotas de ces systèmes de fichiers sont basés sur votre groupe personnel, vous devriez pouvoir effectuer les transferts avec

[name@server ~]$ mv $HOME/scratch/some_file $HOME/some_file

De /scratch ou /home vers /project

De /scratch ou /home vers /project, n'utilisez pas la commande mv. Utilisez plutôt les commandes cp ou rsync.

Il est très important que cp et rsync s'exécutent correctement pour que les fichiers copiés dans l'espace /project possèdent la propriété de groupe correcte.

• Avec cp, n'utilisez pas l'option d'archivage -a.
• Avec rsync, assurez-vous d'utiliser les options --no-g --no-p ainsi :

[name@server ~]$ rsync -axvH --no-g --no-p  $HOME/scratch/some_directory $HOME/projects/<project>/some_other_directory

Une fois les fichiers copiés correctement, ils peuvent être supprimés de votre espace scratch.

De /project à /scratch ou /home

Évitez la commande mv : nous recommandons plutôt cp, ou rsync.

Il est très important que ces commandes s'effectuent correctement pour que les fichiers conservent la même propriété de groupe qu'avec /project.

• avec cp, n'utilisez pas l'option d'archivage -a
• avec rsync, entrez les options comme suit :

[name@server ~]$ rsync -axvH --no-g --no-p  $HOME/projects/<project>/some_other_directory $HOME/scratch/some_directory

De /project à /project

N'utilisez jamais la commande mv; nous vous recommandons plutôt cp ou rsync.

Il est très important de faire exécuter correctement cp ou rsync pour faire en sorte que la propriété de groupe des fichiers copiés soit correcte.

• Avec cp, n'utilisez pas l'option d'archivage -a.
• Avec rsync, spécifiez les options --no-g --no-p comme suit :

[name@server ~]$ rsync -axvH --no-g --no-p  $HOME/projects/<project>/some_other_directory $HOME/projects/<project2>/some_directory

Quand vos données auront été copiées, n'oubliez pas de supprimer celles de la source.

Message Disk quota exceeded

Voir aussi la page Espace projet

Certains reçoivent ce message d'erreur ou un autre message similaire au sujet du quota en rapport avec leurs répertoires de l'espace /project. Des difficultés ont aussi été rapportées lors du transfert de fichiers vers leur répertoire /project à partir d'une autre grappe. Plusieurs de ces cas sont dus à des problèmes de propriété des fichiers.

Pour savoir si vous avez atteint ou dépassé le quota, utilisez diskusage_report.

[ymartin@cedar5 ~]$ diskusage_report
                             Description                Space           # of files
                     Home (user ymartin)             345M/50G            9518/500k
                  Scratch (user ymartin)              93M/20T           6532/1000k
                 Project (group ymartin)          5472k/2048k            158/5000k
            Project (group def-zrichard)            20k/1000G              4/5000k

Cet exemple illustre un problème fréquent : l'espace projet de l'utilisateur ymartin contient trop de données dans des fichiers qui appartiennent au groupe ymartin. Ces données devraient se trouver dans des fichiers appartenant à def-zrichard. Pour connaître les groupes de projets que vous pouvez utiliser, lancez la commande

stat -c %G $HOME/projects/*/

En ce qui a trait aux deux dernières lignes,

• Project (group ymartin) décrit les fichiers qui appartiennent au groupe ymartin; notez que le nom du groupe est le même que celui de l’utilisateur. Ce dernier est le seul membre du groupe et le quota de 2048Ko pour son groupe est très bas.
• Project (group def-zrichard) décrit les fichiers qui appartiennent au groupe du projet. Il est possible que votre compte soit associé à plusieurs groupes de projet, dont les noms sont sous la forme def-zrichard, rrg-someprof-ab, ou rpp-someprof.

Dans cet exemple, les fichiers ont été associés au propriétaire du groupe ymartin plutôt qu’au propriétaire du groupe def-zrichard, ce qui est inattendu et non souhaitable.

Les nouveaux fichiers et répertoires créés dans /project sont automatiquement associés à un groupe du projet. Les raisons les plus fréquentes pour lesquelles cette association est fautive sont que

• les fichiers et répertoires sont déplacés d’un espace /home à un espace /project en utilisant la commande mv; pour éviter ceci, voyez ci-dessus la section De /scratch vers /home;
• les fichiers sont transférés à partir d’une autre grappe à l’aide de rsync ou de scp avec une option forçant de conserver les mêmes caractéristiques de propriété; vérifiez donc les options que vous avez sélectionnées dans votre application de transfert de données;
• le bit setgid n'est pas activé pour vos répertoires /project.

Solution

Si votre répertoire /project contient des données qui appartiennent au mauvais groupe, utilisez find pour afficher les fichiers.

lfs find ~/projects/*/ -group $USER

Changez ensuite la propriété de $USER au groupe de projet, par exemple

chown -h -R $USER:def-professor -- ~/projects/def-professor/$USER/

Activez le bit SetGID de tous les répertoires pour que les nouveaux fichiers héritent de l'appartenance au groupe du répertoire, par exemple

lfs find ~/projects/def-professor/$USER -type d -print0 | xargs -0 chmod g+s

Enfin, assurez-vous que les permissions des répertoires de l'espace projet sont correctes avec

chmod 2770 ~/projects/def-professor/
chmod 2700 ~/projects/def-professor/$USER

Autre explication

Chaque fichier sous Linux appartient à la fois à un utilisateur et à un groupe. Par défaut, tout fichier que vous créez vous appartient (username) et votre groupe porte le même nom. Le propriétaire est donc username:username. Votre groupe a été créé au même moment où votre compte a été créé et vous êtes le seul utilisateur dans ce groupe.

La propriété du fichier vaut pour votre répertoire /home et pour l'espace /scratch, comme ici

                              Description                Space           # of files
                      Home (user username)              15G/53G             74k/500k
                   Scratch (user username)           1522G/100T            65k/1000k
                  Project (group username)            34G/2048k             330/2048
             Project (group def-professor)            28k/1000G               9/500k

Les quotas pour /home et /scratch sont établis sur la base du username.

Les deux autres lignes sont pour les groupes username et def-professor dans l'espace /project. Il n'est pas important que les utilisateurs soient propriétaires des fichiers dans cet espace; par contre le groupe propriétaire des fichiers déterminera la limite du quota.

Vous remarquez que vos fichiers occupent déjà 34Go dans l'espace /project et que la limite pour le groupe username est fixée à 2Mo, ce qui est très peu. Pour cette raison, vous ne pouvez y enregistrer plus de données parce que le groupe propriétaire n'a pas reçu une allocation pour plus d'espace.

Par contre, l'allocation pour le groupe def-professor (le groupe de votre professeur) n'utilise presque pas d'espace, mais dispose en fait de 1To. Les fichiers ici devraient appartenir à username:def-professor.

Dépendant du logiciel et de la méthode de copie des fichiers, le logiciel respectera la propriété du répertoire et désignera le bon groupe ou il conservera la propriété du fichier source; ce dernier comportement n'est pas souhaitable.

Vos données initiales appartiennent probablement à username:username; en les déplaçant, elles devraient appartenir à username:def-professor, mais le logiciel insiste pour ne pas changer la propriété, ce qui est un problème.

Message d'erreur sbatch: error: Batch job submission failed: Socket timed out on send/recv operation

Vous pourriez recevoir ce message d'erreur si l'ordonnanceur est surchargé (voir la page Exécuter des tâches). Nous tentons toujours d'augmenter la tolérance de Slurm à cet effet et d'éliminer les sources de surcharge ponctuelle, mais ceci est un projet de longue haleine. Notre recommandation est d'attendre environ une minute, puis d'utiliser squeue -u $USER pour voir si la tâche soumise paraît. Si la tâche n'est pas listée, soumettez-la de nouveau.
Notez que ce message survient dans certains cas même lorsque Slurm a accepté la tâche.

Temps d’attente des tâches

Vous pouvez savoir pourquoi vos tâches ont le statut PD (pending pour en attente), en exécutant la commande squeue -u <username>.

La colonne (REASON) contient Resources ou Priority.

• Resources : la grappe est très occupée; vous pouvez soit attendre, soit soumettre une tâche qui exige moins de ressources en termes de CPU/nœud, GPU, mémoire ou temps d’exécution
• Priority : la tâche est en attente en raison de sa basse priorité, ce qui survient lorsque vous et les autres membres du groupe avez utilisé plus que votre juste part des ressources récemment; vous pouvez faire le suivi de votre utilisation des ressources avec la commande sshare (voir Politique d’ordonnancement des tâches).

Messages Nodes required for job are DOWN, DRAINED or RESERVED for jobs in higher priority partitions ou ReqNodeNotAvailable

Il est possible qu'un de ces messages s’affiche dans le champ Reason du fichier de résultat de squeue pour une tâche en attente; ceci se produit avec Slurm 19.05 et signifie qu'un ou plusieurs des nœuds que Slurm pouvait utiliser sont en panne, ont été mis hors service, ou encore sont réservés pour d’autres tâches. Ces cas sont fréquents avec les grappes de grande capacité qui connaissent un fort achalandage. Ces messages signifient effectivement la même chose que la raison Ressources de la version Slurm 17.11. Ce ne sont pas des messages d'erreur; les tâches sont dans la queue et seront éventuellement traitées.

Précision de START_TIME avec squeue

Par défaut, la commande squeue ne montre pas le moment où une tâche doit être lancée, mais il est possible de le savoir avec une option. Comme les conditions sont constamment en changement, le moment prévu par Slurm pour le lancement d’une tâche n’est jamais exact et donc pas très utile.

L'ordonnanceur Slurm calcule un moment de début (START_TIME) dans le futur pour les tâches en attente qui sont de haute priorité sur la base

• des ressources qui seront libérées à la fin des tâches en cours, et
• des ressources qui seront demandées par les tâches en attente dont la priorité est plus élevée.

La valeur de START_TIME n'est plus valide si

• certaines tâches se terminent plus tôt que prévu et libèrent des ressources, ou
• l'ordre de priorité est modifié, par exemple quand des tâches sont annulées ou qu'une nouvelle tâche avec une priorité plus élevée est soumise.

Sur nos grappes d'usage général, de nouvelles tâches sont soumises toutes les cinq secondes environ et de 30 à 50 % des tâches se terminent plus tôt que prévu; Slurm revoit donc souvent l'ordre d'exécution des tâches qui lui sont soumises.

Pour la plupart des tâches en attente, la valeur de START_TIME est N/A (not available), ce qui signifie que Slurm n'essaie pas d'en fixer le moment du début.

Pour les tâches qui sont en cours, la valeur de START_TIME obtenue par squeue est précise.

Fichiers .core

Dans certains cas, un fichier binaire avec l'extension .core est créé quand un programme se termine anormalement; il contient un instantané de l'état du programme au moment où il s'est terminé. Ce fichier est utile pour le débogage, mais n'est d'aucun intérêt pour les utilisateurs; il n'est qu'un signe d'un problème dans le déroulement du programme, ce qui est généralement indiqué dans le résultat en sortie de la tâche. Les fichiers .core peuvent être supprimés; ajoutez la ligne ulimit -c 0 à la fin du fichier $HOME/.bashrc pour que ces fichiers ne soient plus créés.

Bibliothèque introuvable

À l'exécution, les paquets binaires précompilés qui sont installés dans votre répertoire $HOME peuvent produire une erreur semblable à /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found. Pour la solution, voir Installer des paquets binaires.

Quelles sont vos mesures pour la gestion des données sensibles?

Nos grappes ne sont pas spécifiquement conçues pour garantir la sécurité des données personnelles, privées ou sensibles.

Nous appliquons cependant les meilleures pratiques pour les systèmes partagés et accordons beaucoup d’attention à l’intégrité, la confidentialité et la disponibilité des données. Toutefois, certains ensembles de données doivent être traités avec des ressources qui sont certifiées selon des standards de sécurité particuliers et il est de la responsabilité des chercheuses et chercheurs de voir à ce que ces exigences soient respectées. À cet effet, veuillez prendre connaissance de l’article 5.2 de notre Politique de protection des données et des renseignements personnels et du paragraphe 3.2 des Conditions d’utilisation.

Pour plus d'information, voir Protection des données, confidentialité et respect de la vie privée.