GBrowse

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Introduction

GBrowse est un outil pour manipuler et visualiser des données génomiques par une interface web. Il est formé d’une base de données combinée à des pages web interactives.

GBrowse est disponible sur Cedar et peut être installé à partir de https://gateway.cedar.computecanada.ca. La configuration offerte par Calcul Canada diffère de celle décrite sur la page web GBrowse, particulièrement en ce qui a trait à l’autorisation et à l’authentification.

Accéder à GBrowse

L’équipe technique de Calcul Canada créera un compte partagé pour chaque groupe de recherche demandant l’accès à GBrowse. Les données et les fichiers de configuration seront lisibles par tous les membres du groupe.

Le chercheur principal doit écrire à support@computecanada.ca pour demander la création du compte partagé et attester qu’il comprend les conditions d’utilisation par les membres de son groupe. Il doit aussi indiquer le nom de la base de données utilisée sur Cedar. Si vous n’avez pas de compte de base de données, consultez la page Serveurs de bases de données.

Installation

Fichiers de configuration

Pour qu’ils soient visibles par tous les membres du groupe, placez les fichiers de configuration dans le répertoire

/project/GROUPID/gbrowse/USERNAME/conf

GROUPID est l’identifiant du groupe et USERNAME est votre nom d’utilisateur. Nous créerons un lien symbolique de ${HOME}/gbrowse-config/ vers ce répertoire. Veuillez vous assurer que les permissions de lecture du groupe pour ces fichiers sont activées.

Connexion à la base de données

Avec MySQL, les fichiers de configuration GBrowse doivent contenir

[username_example_genome:database]
db_adaptor    =     Bio::DB::SeqFeature::Store
db_args       =    -adaptor DBI::mysql
-dsn DATABASE;mysql_read_default_file=/home/SHARED/.my.cnf

DATABASE est le nom de la base de données et SHARED est le compte partagé. Le fichier texte .my.cnf est créé par l’équipe technique de Calcul Canada et contient les renseignements nécessaires pour se connecter à MySQL.

Avec Postgres, les fichiers de configuration GBrowse doivent contenir

[username_example_genome:database]
db_adaptor    = Bio::DB::SeqFeature::Store
db_args       =  -adaptor DBI::Pg
-dsn          =  dbi:Pg:dbname=DATABASE
                    

DATABASE est le nom de la base de données.

Utilisation

Fichiers de données

Il n’est pas nécessaire de téléverser les fichiers .bam pour pouvoir les visualiser. Pour que GBrowse puisse lire directement les fichiers .bam directement :

  • les fichiers doivent être copiés dans votre répertoire /project et être lisibles par le groupe;
  • le répertoire qui contient les fichiers .bam doit avoir le setgid et la permission d'exécution par le groupe activés, c’est-à-dire que le résultat de ls –l doit avoir un s minuscule (bas de casse) en lieu et place du x de l'exécution de groupe;
  • la propriété de groupe du fichier .bam doit indiquer le nom du groupe et non le nom de l’utilisateur, par exemple jsmith:def-kjones plutôt que jjsmith:jsmith;
  • le chemin vers le fichier .bam doit être modifié dans le fichier de configuration, par exemple
[example_bam:database]
db_adaptor        = Bio::DB::Sam
db_args           = -bam /project/GROUPID/USERNAME/gbrowse_bam_files/example_file.bam
search options    = default

Téléverser des fichiers vers la base de données

Avec BioPerl, exécutez

module load bioperl/1.7.1
bp_seqfeature_load.pl -c –d DATABASE:mysql_read_default_file=/home/USERNAME/.my.cnf \
   example_genomic_sequence.fa header_file

DATABASE est le nom de la base de données, example_genomic_sequence.fa est le fichier FASTA qui contient le génome complet et header_file contient les détails sur la longueur des chromosomes. Voici un exemple d’un fichier entête :

##sequence-region I 1 15072434
##sequence-region II 1 15279421
##sequence-region III 1 13783801
##sequence-region IV 1 17493829
##sequence-region V 1 20924180
##sequence-region X 1 17718942
##sequence-region MtDNA 1 13794

N’exécutez pas ce fichier sur un nœud principal, mais exécutez ces commandes en passant par l’ordonnanceur.

Une fois que les données sont téléversées dans la base de données, vous devez accorder l'accès en lecture au compte partagé (SHARED ) pour que GBrowse puisse lire la base de données; voyez Partager vos données MySQL.