Gaussian

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Gaussian est une application de chimie computationnelle produite par Gaussian, Inc..

Limites de la licence

Gaussian est présentement disponible uniquement sur Graham et certains systèmes installés avant 2016.

Pour utiliser l'application, vous devez accepter certaines conditions. Copiez les énoncés suivants dans un courriel et faites-le parvenir à support@computecanada.ca.

  1. Vous ne faites pas partie d'un groupe de recherche qui développe une application concurrente.
  2. Vous ne copierez pas Gaussian ni ne rendrez l'application disponible à un tiers.
  3. Vous ferez mention comme il se doit de Gaussian Inc. et de Calcul CanadaThe French name for Compute Canada dans toute publication.
  4. Vous nous informerez de toute modification aux conditions précitées.

Nous pourrons alors vous donner accès à Gaussian.

Utiliser Gaussian sur Graham

Les versions g16.a03, g09.e01 et g03.d01 sont installées sur la nouvelle grappe Graham et sont disponibles via le système de modules. Chargez la version que vous voulez utiliser tel qu'indiqué dans le script mysub.sh ci-dessous.

Soumettre des tâches

Slurm est l'ordonnanceur de tâches sur Graham; pour des renseignements sur la soumission d'une tâche, consultez Exécuter des tâches.

En plus du fichier d'entrée name.com, vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée.

Il y a deux options pour les tâches Gaussian sur Graham, selon la localisation des fichiers d'exécution par défaut et la taille de la tâche :

Option 1 : G16 (G09, G03)

Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (unnamed .rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans /scratch/username/jobid/ et demeurent dans ce répertoire si la tâche n'est pas terminée ou si elle a échoué. Le fichier .rwf peut y être récupéré pour redémarrer la tâche plus tard.

Voici un exemple d'un script G16.

Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log).

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G             # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00       # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16    # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.a03
G16 name.com            # G16 command, input: name.com, output: name.log


Pour utiliser Gaussian 09 ou Gaussian 03, remplacez gaussian/g16.a03 par gaussian/g09.e01 ou gaussian/g03.d01 et remplacez G16 par G09 ou G03. Modifiez --mem, --time, --cpus-per-task selon vos besoins en ressources de calcul.

Option 2 : g16 (g09, g03)

Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (unnamed .rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés temporairement dans $SLURM_TMPDIR (/localscratch/username.jobid.0/) dans le nœud de calcul où la tâche devait être exécutée. L'ordonnanceur supprime les fichiers quand la tâche est terminée avec ou sans succès. Vous pouvez utiliser cette option si vous n'aurez pas besoin du fichier .rwf pour redémarrer la tâche plus tard.

/localscratch est d'environ 800Go, partagés par toutes les tâches exécutées sur le même nœud. Si la taille de vos fichiers est semblable ou plus grande, utilisez plutôt l'option G16 (G09, G03).

Voici un exemple d'un script g16.

Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log).

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G             # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00       # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16    # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.a03
g16 < name.com >& name.log     # g16 command, input: name.com, output: name.log by default


Soumettez la tâche

sbatch mysub.sh

Tâches interactives

Il est possible d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur Graham à des fins de test. Il n'est cependant pas indiqué d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur un nœud de connexion. Ouvrez plutôt une session interactive sur un nœud de calcul avec salloc pour une durée d'une heure, avec 8 CPUs et 10Go de mémoire.

[name@server $] salloc --time=1:0:0 --cpus-per-task=8 --mem=10g

Puis, utilisez

  [name@server $] module load gaussian/g16.a03
  [name@server $] G16 g16_test2.com    # G16 saves runtime file (.rwf etc.) to /scratch/yourid/93288/


ou

  [name@server $] module load gaussian/g16.a03
  [name@server $] g16 < g16_test2.com >& g16_test2.log &   # g16 saves runtime file to /localscratch/yourid/


Examples

Sample script *.sh and input files can be found on Graham under

/home/jemmyhu/tests/test_Gaussian/