Données génomiques

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En partenariat avec C3G, plusieurs bases de données génomiques sont disponibles sur nos grappes d'usage général (Béluga, Cedar et Graham). En plus de la séquence FASTA, plusieurs génomes comprennent des indices d'alignement et des fichiers d'annotations.

Les données génomiques disponibles se trouvent toujours sur /cvmfs/ref.mugqic/genomes.

Consultez le répertoire pour plus d'information.

[user@cedar5 ~]$  ls -1 /cvmfs/ref.mugqic/genomes
blast_db
chimera_gold_db
chimera_unite_db
greengenes_db
mirbase
pfam_db
silva_db
species
temp
unite_db

Génomes par espèce

Nom vernaculaire	Espèce	Versions
Humain	Homo sapiens	GRCh38 GRCh37 hg19
Souris	Mus musculus	GRCm38 mm10 mm9 NCBIM37
Rat	Rattus norvegicus	rn5 Rnor_5.0 Rnor_6.0
Singe	Macaca mulatta	MMUL_1
Chimpanzé	Pan troglodytes	panTro4 CHIMP2.1.4
Babouin	Papio anubis	PapAnu2.0
Chien	Canis familiaris	CanFam3.1
Vache	Bos taurus	UMD3.1
Poule	Gallus gallus	Galgal4
Mouche	Drosophila melanogaster	BDGP5
C. Elegans	Caenorhabditis elegans	WBcel235
Levure	Saccharomyces cerevisiae	R64-1-1
	Schizosaccharomyces pombe	ASM294v2
Bactérie	Escherichia coli str k_12 substr dh10b	ASM1942v1
	pseudomonas aeruginosa pa14	Pseu aeru PA14_V1
	Pseudomonas aeruginosa UCBPP_PA14	ASM1462v1
Plantes	Arabidopsis thaliana	TAIR10