Données génomiques

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En partenariat avec C3G, plusieurs bases de données génomiques sont disponibles sur nos grappes d'usage général (Béluga, Cedar et Graham). En plus de la séquence FASTA, plusieurs génomes comprennent des indices d'alignement et des fichiers d'annotations.

Les données génomiques disponibles se trouvent toujours sur /cvmfs/ref.mugqic/genomes.

Consultez le répertoire pour plus d'information.

[user@cedar5 ~]$  ls -1 /cvmfs/ref.mugqic/genomes
blast_db
chimera_gold_db
chimera_unite_db
greengenes_db
mirbase
pfam_db
silva_db
species
temp
unite_db


Génomes par espèce

Nom vernaculaire Espèce Versions
Humain Homo sapiens
  • GRCh38
  • GRCh37
  • hg19
Souris Mus musculus
  • GRCm38
  • mm10
  • mm9
  • NCBIM37
Rat Rattus norvegicus
  • rn5
  • Rnor_5.0
  • Rnor_6.0
Singe Macaca mulatta
  • MMUL_1
Chimpanzé Pan troglodytes
  • panTro4
  • CHIMP2.1.4
Babouin Papio anubis
  • PapAnu2.0
Chien Canis familiaris
  • CanFam3.1
Vache Bos taurus
  • UMD3.1
Poule Gallus gallus
  • Galgal4
Mouche Drosophila melanogaster
  • BDGP5
C. Elegans Caenorhabditis elegans
  • WBcel235
Levure Saccharomyces cerevisiae
  • R64-1-1
Schizosaccharomyces pombe
  • ASM294v2
Bactérie Escherichia coli str k_12 substr dh10b
  • ASM1942v1
pseudomonas aeruginosa pa14
  • Pseu aeru PA14_V1
Pseudomonas aeruginosa UCBPP_PA14
  • ASM1462v1
Plantes Arabidopsis thaliana
  • TAIR10