Données génomiques
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En partenariat avec C3G, plusieurs bases de données génomiques sont disponibles sur nos grappes d'usage général (Béluga, Cedar et Graham). En plus de la séquence FASTA, plusieurs génomes comprennent des indices d'alignement et des fichiers d'annotations.
Les données génomiques disponibles se trouvent toujours sur /cvmfs/ref.mugqic/genomes
.
Consultez le répertoire pour plus d'information.
[user@cedar5 ~]$ ls -1 /cvmfs/ref.mugqic/genomes
blast_db
chimera_gold_db
chimera_unite_db
greengenes_db
mirbase
pfam_db
silva_db
species
temp
unite_db
Génomes par espèce
Nom vernaculaire | Espèce | Versions |
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Humain | Homo sapiens |
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Souris | Mus musculus |
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Rat | Rattus norvegicus |
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Singe | Macaca mulatta |
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Chimpanzé | Pan troglodytes |
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Babouin | Papio anubis |
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Chien | Canis familiaris |
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Vache | Bos taurus |
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Poule | Gallus gallus |
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Mouche | Drosophila melanogaster |
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C. Elegans | Caenorhabditis elegans |
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Levure | Saccharomyces cerevisiae |
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Schizosaccharomyces pombe |
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Bactérie | Escherichia coli str k_12 substr dh10b |
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pseudomonas aeruginosa pa14 |
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Pseudomonas aeruginosa UCBPP_PA14 |
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Plantes | Arabidopsis thaliana |
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