Narval

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Disponibilité : depuis octobre 2021
Nœud frontal : narval.calculcanada.ca
Collection Globus : Compute Canada - Narval
Nœud de copie (rsync, scp, sftp,...) : narval.calculcanada.ca

Narval est une grappe hétérogène et polyvalente conçue pour une grande variété de calculs scientifiques de petite et moyenne taille. Narval est située à l'École de technologie supérieure. Son nom rappelle le narval, un mammifère marin qui a parfois été observé dans les eaux du fleuve Saint-Laurent.

Limitations et problèmes connus

En date d'octobre 2021, les fonctionnalités et logiciels suivants ne fonctionnent pas complètement:

  • copies de sauvegarde (corrigé le 18 novembre 2021)
  • nearline (février 2022)
  • JupyterHub (corrigé le 10 novembre 2021)
  • pytorch (corrigé le 1er novembre 2021)
  • certains logiciels qui dépendent de CUDA. Liste complète ici.
  • certains serveurs de license (contactez le soutien technique)
  • gurobi (corrigé, 9 novembre 2021)

Particularités

Notre politique veut que les nœuds de calcul de Narval n'aient pas accès à l'internet. Pour y faire exception, veuillez joindre le soutien technique en expliquant ce dont vous avez besoin et pourquoi. Notez que l'outil crontab n'est pas offert.

Chaque tâche devrait être d'une durée d’au moins une heure (au moins cinq minutes pour les tâches de test) et vous ne pouvez pas avoir plus de 1000 tâches (en exécution et en attente) à la fois. La durée maximale d'une tâche est de 7 jours (168 heures).

Stockage

HOME
Système de fichiers Lustre, 40 To d’espace au total
  • Cet espace est petit et ne peut pas être agrandi : vous devrez utiliser votre espace project pour les grands besoins en stockage.
  • 50 Go d’espace et 500K fichiers par utilisateur
  • Il y a une sauvegarde automatique une fois par jour.
SCRATCH
Système de fichiers Lustre, 5.5 Po d’espace au total
  • Grand espace pour stocker les fichiers temporaires pendant les calculs.
  • Pas de système de sauvegarde automatique
  • 20 To d’espace et 1M fichiers par utilisateur
  • Il y a une purge automatique des vieux fichiers dans cet espace.
PROJECT
Système de fichiers Lustre, 19 Po d’espace au total
  • Cet espace est conçu pour le partage de données entre membres d'un groupe et pour le stockage de beaucoup de données.
  • 1 To d’espace et 500K fichiers par groupe
  • Il y a une sauvegarde automatique une fois par jour.

Au tout début de la présente page, un tableau indique plusieurs adresses de connexion. Pour les transferts de données par Globus, il faut utiliser le Point de chute Globus. Par contre, pour les outils comme rsync et scp, il faut utiliser l'adresse du Nœud de copie.

Réseautique haute performance

Le réseau InfiniBand HDR de Mellanox relie tous les nœuds de la grappe. Chaque commutateur de 40 ports HDR (200 Gb/s) permet de connecter ensemble jusqu'à 66 nœuds en HDR100 (100 Gb/s) avec 33 liens HDR divisés en deux (2) par des câbles spéciaux. Les sept (7) liens HDR restants servent à connecter le commutateur d'un cabinet à chacun des sept (7) commutateurs HDR du réseau InfiniBand central. Les îlots de nœuds sont donc connectés avec un facteur de blocage maximum de 33:7 (4.7:1). Par contre, les serveurs de stockage sont branchés avec un facteur de blocage significativement plus bas pour une performance maximale.

En pratique, les cabinets de Narval contiennent des îlots de 48 ou 56 nœuds CPU réguliers. Il est donc possible d'exécuter des tâches parallèles utilisant jusqu’à 3584 cœurs et une réseautique non bloquante. Pour des tâches plus imposantes ou plus fragmentées sur le réseau, le facteur de blocage est de 4.7:1. L’interconnexion reste malgré tout de haute performance.

Caractéristiques des nœuds

nœuds cœurs mémoire disponible CPU stockage GPU
1109 64 249G ou 255000M 2 x AMD Rome 7532 @ 2.40 GHz 256M cache L3 1 x SSD de 960G -
33 2009G ou 2057500M
159 48 498G ou 510000M 2 x AMD Milan 7413 @ 2.65 GHz 128M cache L3 1 x SSD de 3.84T 4 x NVidia A100 (mémoire 40G)

Particularités liées aux processeurs AMD

Ensemble d'instructions pris en charge

La grappe Narval est équipée de processeurs AMD EPYC de 2e et 3e génération qui prennent en charge les instructions AVX2. Cet ensemble d'instructions est le même que celui des processeurs Intel que l'on retrouve sur les nœuds de Béluga, Cedar, Graham et Niagara.

Narval ne prend toutefois pas en charge les instructions AVX512, contrairement aux nœuds de Béluga et Niagara et à certains nœuds de Cedar et de Graham.

AVX2 est pris en charge là où les nœuds ont des CPU de type Broadwell alors que les deux ensembles d’instructions (AVX2 et AVX512) le sont là où les CPU sont de type Skylake ou Cascade Lake. Par conséquent, une application compilée dans un nœud avec un CPU Broadwell de Cedar ou Graham, incluant leurs nœuds de connexion, pourra être exécutée sur Narval, mais ne pourra pas être exécutée si elle est compilée sur Béluga ou Niagara, ou dans un nœud Skylake ou Cascade Lake de Cedar ou Graham. Dans ce dernier cas, l’application devra être recompilée (voir Compilateurs Intel ci-dessous).


Compilateurs Intel

Les compilateurs Intel peuvent très bien compiler des applications pour les processeurs AMD de Narval, et ce, en se limitant aux ensembles d'instructions AVX2 et les plus anciens. Pour ce faire, il faut utiliser l'option -march=core-avx2 du compilateur Intel, ce qui permet d'obtenir des exécutables qui sont compatibles à la fois avec les processeurs Intel et AMD.

Par contre, si vous avez compilé un code sur un système utilisant des processeurs Intel et que vous avez utilisé une ou des options -xXXXX, telle que -xCORE-AVX2, les applications compilées ne fonctionneront pas sur Narval, car les compilateurs Intel ajoutent des instructions supplémentaires pour vérifier que le processeur utilisé est un produit Intel. Cela étant dit, sur Narval, l'option -xHOST devient équivalente à -march=core-avx2.

Environnements logiciels disponibles

L'environnement logiciel standard StdEnv/2020 est l'environnement par défaut sur Narval. Les anciennes versions ont été volontairement bloquées. Si vous avez besoin d'un logiciel qui n'est disponible que sur une ancienne version de l'environnement standard, nous vous invitons à envoyer une demande à notre soutien technique.

Bibliothèques BLAS et LAPACK

La bibliothèque Intel MKL fonctionne sur les processeurs AMD, mais elle n'est pas optimale. Nous étudions présentement l'option d'utiliser la bibliothèque FlexiBLAS pour l'installation de prochaines versions de logiciels, ce qui permettra de charger dynamiquement l'implémentation appropriée de BLAS et LAPACK en fonction du manufacturier du processeur. Si vous croyez que le code que vous exécutez est particulièrement sensible à la performance de BLAS et LAPACK, nous vous invitons à le rapporter à notre soutien technique.