PGDBG

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Description

PGDBG est un outil simple mais puissant pour le débogage d’applications parallèles MPI et OpenMP sous Linux. L’outil fait partie du paquet du compilateur PGI et est configuré pour OpenMP avec fils parallèles. Il peut être utilisé en mode graphique avec redirection X11 ou en mode ligne de commande.

Un débogueur GNU comme GDB conviendra pour la plupart des programmes C, C++ ou Fortran77. Cependant, GDB ne fonctionne pas très bien avec les programmes Fortran 90/95; c’est pourquoi le Portland Group a développé pgdbg.

Guide de démarrage

Le travail avec PFDBG s’effectue généralement en deux étapes :

  1. compilation : le code est compilé (avec l’option -g pour obtenir les symboles de débogage);
  2. exécution et débogage : le code est exécuté et les résultats sont analysés.

Le débogage peut se faire en mode ligne de commande ou en mode graphique.


Modules d’environnement

Il faut d’abord charger le module pour le paquet PGI. Pour connaître les versions disponibles pour les modules du compilateur, de MPI et de CUDA que vous avez chargés, lancez module avail pgi. Pour connaître la liste complète des modules PGI disponibles, lancez module -r spider '.*pgi.*'. En date de décembre 2018, les versions disponibles sont

  • pgi/13.10
  • pgi/17.3

Pour charger un module, lancez module load pgi/version; par exemple, pour la version 17.3, la commande est

Question.png
[name@server ~]$ module load pgi/17.3

Compilation

Avant d’être débogué, le code doit d’abord être compilé en ajoutant l’indicateur -g pour obtenir les renseignements utiles au débogage.

Question.png
[name@server ~]$ pgcc -g program.c -o program

Exécution et débogage en mode ligne de commande

Une fois le code compilé avec les options appropriées, lancez PGDBG pour effectuer l’analyse. Par défaut, l’affichage se fait par l’interface graphique. Si toutefois vous ne voulez pas utiliser cette interface ou que vous n’avez pas la redirection X11, vous pouvez travailler en mode ligne de commande en ajoutant l’option text au lancement de PDGDB.

En mode ligne de commande, une invite est affichée.

Question.png
[name@server ~]$ pgdbg -text program 
PGDBG 17.3-0 x86-64 (Cluster, 256 Process)
PGI Compilers and Tools
Copyright (c) 2017, NVIDIA CORPORATION.  All rights reserved.
Loaded: /home/user/program
pgdbg>

À l’invite, lancez la commande run.

Question.png
[name@server ~]$ 
pgdbg> run

En cours d’exécution du programme, PGDBG s’attache automatiquement aux fils et décrit chacun d’eux au fur et à mesure qu’ils sont créés. En cours de débogage, PGDBG travaille sur un seul fil à la fois, le fil courant. La commande thread sert à sélectionner le fil courant, la commande threads liste les fils utilisés à ce moment par un programme actif.

Question.png
[name@server ~]$ pgdbg > threads
0  ID PID    STATE      SIGNAL      LOCATION
   3  18399  Stopped    SIGTRAP     main line: 31 in "omp.c" address: 0x80490ab
=> 2  18398  Stopped    SIGTRAP     main line: 32 in "omp.c" address: 0x80490cf
   1  18397  Stopped    SIGTRAP     main line: 31 in "omp.c" address: 0x80490ab
   0  18395  Stopped    SIGTRAP     f line: 5 in "omp.c" address: 0x8048fa0

Par exemple, pour sélectionner ID 2 comme fil courant, la commande thread serait

Question.png
[name@server ~]$ pgdbg > thread 3
pgdbg > threads
0  ID PID    STATE      SIGNAL      LOCATION
=> 3  18399  Stopped    SIGTRAP     main line: 31 in "omp.c" address: 0x80490ab
   2  18398  Stopped    SIGTRAP     main line: 32 in "omp.c" address: 0x80490cf
   1  18397  Stopped    SIGTRAP     main line: 31 in "omp.c" address: 0x80490ab
   0  18395  Stopped    SIGTRAP     f line: 5 in "omp.c" address: 0x8048fa0

Exécution et débogage en mode graphique

L’interface graphique est utilisée par défaut. Si vous avez configuré la redirection X11, PGDBG démarre en mode graphique dans une nouvelle fenêtre.

Interface graphique (cliquez pour agrandir)

Les éléments de l'interface graphique sont :

  • barre de menus
  • barre d'outils
  • volet du code source
  • volet des entrées sorties (I/O)
  • volet de débogage.

Barre de menus

La barre de menus principale affiche File, Edit, View, Connections, Debug et Help. Il est possible de naviguer avec la souris ou avec les raccourcis-clavier.

Barre d'outils principale

La barre d'outils principale contient plusieurs boutons et quatre listes déroulantes. La première liste Current Process, montre le processus en cours, autrement dit, le fil courant. Le libellé change selon que le processus ou le fil est décrit. Quand plusieurs fils sont disponibles, cette liste sert à sélectionner le processus ou le fil qui devrait être courant.

Listes déroulantes de la barre d'outils (cliquez pour agrandir)

La deuxième liste Apply détermine le groupe de processus et de fils auxquels les commandes d'action s'appliquent.
La troisième liste Display détermine le groupe de processus et de fils auxquels les commandes d'affichage de données s'appliquent.

La quatrième liste File affiche le fichier source qui contient la cible courante.

Volets du code source et des outils de débogage

Le volet du code source montre le code pour la session en cours. Ce volet et les onglets du volet de débogage sont des éléments ancrables; en double-cliquant dessus, vous pouvez les détacher de la fenêtre principale.

Le panneau montrant le code source offre des outils qui permettent de savoir comment le code est exécuté.(cliquez pour agrandir)

Volet des entrées/sorties du programme

Les résultats produits par le programme sont affichés dans ce volet. Utilisez le champ Input pour faire des entrées au programme.

Volet de débogage

Situé au bas de la fenêtre, ce volet comporte des onglets qui servent différentes fonctions de débogage et de visualisation de l'information.

Références

Message Passing Interface