VMD

VMD est un programme de visualisation moléculaire permettant d'afficher, d'animer et d'analyser de grands systèmes biomoléculaires à l'aide de graphiques 3D et de scripts intégrés. Voir le site Web VMD.

Version préinstallée

Pour activer les fonctionnalités graphiques, connectez-vous à une grappe avec VNC en utilisant ssh -X ou ssh -Y. Nous recommandons VNC pour une meilleure performance.

La version par défaut est présentement 1.9.4a43. Pour l'utiliser :

[name@server ~]$ module load vmd
[name@server ~]$ vmd

Pour plus d'information sur la commande module, voir Utiliser des modules, qui décrit aussi comment trouver et utiliser les autres versions préinstallées.

Installation de la version Alpha 1.9.4

1. Téléchargez le dernier fichier tar Alpha 1.9.4 de http://www.ks.uiuc.edu/ en sélectionnant LINUX_64 (vous devez vous enregistrer).

2. Copiez le fichier dans le répertoire /home de la grappe que vous voulez utiliser.

3. Décompactez le fichier.

tar xvf vmd-1.9.4*.opengl.tar.gz

4. Positionnez-vous dans le répertoire créé.

cd vmd-1.9.4*

5. Créez deux nouveaux répertoires pour y enregistrer les fichiers.

mkdir ~/vmd_install
mkdir ~/vmd_library

5. Modifiez le fichier configure comme suit, en remplaçant chaque occurrence de your_user_name avec votre propre nom d'utilisateur.

# Directory where VMD startup script is installed, should be in users' paths.
$install_bin_dir="/home/your_user_name/vmd_install";

# Directory where VMD files and executables are installed
$install_library_dir="/home/your_user_name/vmd_library";

6. Lancez configure et make:

./configure
cd src
make install

7. Ajoutez l'exécutable créé au chemin.

export PATH=~/vmd_install:$PATH

8. Utilisez setrpaths.sh pour modifier les exécutables VMD afin qu'ils utilisent les bibliothèques de CVMFS.

cd ~/vmd_library/
setrpaths.sh  --path .

Sous Mac, si la fenêtre est vide, essayez de lancer

defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true

Installation de plugiciels

Plusieurs plugiciels sont disponibles. Vous pouvez les installer dans votre propre espace. Dans l'exemple suivant, nous installons le plugiciel CaFE, avec les directives détaillées qui se trouvent dans cette page :

wget https://github.com/HuiLiuCode/CaFE_Plugin/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd CaFE_Plugin-master
mv src cafe1.0
mv cafe1.0 ~
cd

Modifiez le fichier .vmdrc avec votre éditeur préféré (nano, vim, emacs, etc.) et ajoutez la ligne suivante&bnsp;:

set auto_path [linsert $auto_path 0 {~/cafe1.0}]

Chargez ensuite le module vmd et tout autre module requis; le plugiciel CaFE devrait être disponible.

Liens

• Webinaires WestGrid (en anglais)
  • Molecular visualization with VMD
  • Advanced VMD: Trajectories, movies, scripting

CernVM File System