VMD

From CC Doc
Jump to navigation Jump to search
This page is a translated version of the page VMD and the translation is 100% complete.
Other languages:
English • ‎français

Version pré-installée

Pour activer les fonctionnalités graphiques, connectez-vous avec ssh -X/-Y ou via VNC.

Il y a deux versions de VMD sur nos grappes :

$ module avail vmd
...
------------------ Compiler-dependent avx2 modules ----------------------
   vmd/1.9.3 (L,vis)    vmd/1.9.4a43 (vis,D)

La version par défaut est 1.9.4a43. Pour l'utiliser :

  [name@server ~]$ module load vmd
  [name@server ~]$ vmd

Ceci devrait ouvrir des fenêtres graphiques pour VMD.

Si vous voulez utiliser la version antérieure, lancez

$ module load vmd/1.9.3

Installation de la version Alpha 1.9.4

1. Téléchargez le dernier fichier tar Alpha 1.9.4 de http://www.ks.uiuc.edu/ en sélectionnant LINUX_64 (l'enregistrement est gratuit).

2. Copiez le fichier dans le répertoire /home de la grappe que vous voulez utiliser.

3. Décompactez le fichier.

tar xvf vmd-1.9.4*.opengl.tar.gz

4. Positionnez-vous dans le répertoire créé.

cd vmd-1.9.4*

5.

mkdir ~/vmd_install
mkdir ~/vmd_library

6. Modifiez le fichier configure comme suit :

# Directory where VMD startup script is installed, should be in users' paths.
$install_bin_dir="/home/your_user_name/vmd_install";
# Directory where VMD files and executables are installed
$install_library_dir="/home/your_user_name/vmd_library";

(Remplacez your_user_name par votre nom d'utilisateur.)

7. Exécutez configure.

./configure

8. Exécutez make.

cd src
make install

9. Ajoutez l'exécutable créé au chemin.

export PATH=~/vmd_install:$PATH


Sous Mac, si la fenêtre est vide, essayez

defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true


Installing plugins

VMD has many plugins available. You should be able to install them in your own space. The example that follows will illustrate how to install the CaFE plugin.

The installation instructions are detailed here.

wget https://github.com/HuiLiuCode/CaFE_Plugin/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd CaFE_Plugin-master
mv src cafe1.0
mv cafe1.0 ~
cd

Then edit the .vmdrc file with

nano .vmdrc

and add this line:

set auto_path [linsert $auto_path 0 {~/cafe1.0}]

After this load the vmd module and the other modules (namd) which are required, and the CaFE plugin should be available.