VMD

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Version pré-installée

Pour activer les fonctionnalités graphiques, connectez-vous avec ssh -X/-Y ou via VNC.

Il y a deux versions de VMD sur nos grappes :

$ module avail vmd
...
------------------ Compiler-dependent avx2 modules ----------------------
   vmd/1.9.3 (L,vis)    vmd/1.9.4a43 (vis,D)

La version par défaut est 1.9.4a43. Pour l'utiliser :

  [name@server ~]$ module load vmd
  [name@server ~]$ vmd

Ceci devrait ouvrir des fenêtres graphiques pour VMD.

Si vous voulez utiliser la version antérieure, lancez

$ module load vmd/1.9.3

Installation de la version Alpha 1.9.4

1. Téléchargez le dernier fichier tar Alpha 1.9.4 de http://www.ks.uiuc.edu/ en sélectionnant LINUX_64 (l'enregistrement est gratuit).

2. Copiez le fichier dans le répertoire /home de la grappe que vous voulez utiliser.

3. Décompactez le fichier.

tar xvf vmd-1.9.4*.opengl.tar.gz

4. Positionnez-vous dans le répertoire créé.

cd vmd-1.9.4*

5.

mkdir ~/vmd_install
mkdir ~/vmd_library

6. Modifiez le fichier configure comme suit :

# Directory where VMD startup script is installed, should be in users' paths.
$install_bin_dir="/home/your_user_name/vmd_install";
# Directory where VMD files and executables are installed
$install_library_dir="/home/your_user_name/vmd_library";

(Remplacez your_user_name par votre nom d'utilisateur.)

7. Exécutez configure.

./configure

8. Exécutez make.

cd src
make install

9. Ajoutez l'exécutable créé au chemin.

export PATH=~/vmd_install:$PATH


Sous Mac, si la fenêtre est vide, essayez

defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true