R/fr: Difference between revisions

Par contre, dans la documentation pour R, le terme ''nœud'' désigne souvent un ''processus de travail'' (worker process); un regroupement de ces processus constitue une ''grappe''. Prenons comme exemple la citation suivante : «&nbsp;Following '''snow''', a pool of worker processes listening ''via'' sockets for commands from the master is called a 'cluster' of nodes.&nbsp;»<ref>https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/parallel/doc/parallel.pdf</ref><br/>.

=== Rmpi ===

====Installation====

</source>

2.  Sélectionnez la version et chargez le module OpenMPI approprié. Dans notre exemple, la version 4.0.3 est utilisée, pour que les processus s'exécutent correctement.

  <source lang="bash">

module load openmpi/40.3

</source>

3. Téléchargez [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/index.html la dernière version de Rmpi]  en remplaçant le numéro de la version selon le cas.

  <source lang="bash">

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rmpi_0.6-9.1.tar.gz

</source>

4. Indiquez le répertoire dans lequel vous voulez copier les fichiers; vous devez avoir une permission d'écriture pour ce répertoire. Le nom du répertoire peut être modifié.

</source>

5. Lancez la commande d'installation.

  <source lang="bash">

R CMD INSTALL --configure-args="--with-Rmpi-include=$EBROOTOPENMPI/include  --with-Rmpi-libpath=$EBROOTOPENMPI/lib --with-Rmpi-type='OPENMPI' " Rmpi_0.6-9.tar.gz  

</source>

Portez attention au message d'erreur qui s'affiche quand l'installation d'un paquet échoue; il pourrait indiquer d'autres modules qui seraient nécessaires.

#SBATCH --time=0-00:15          # temps (JJ-HH:MM)

module load gcc/9.3.0

module load r/4.0.2

mpirun -np 1 R CMD BATCH test.R test.txt

}}

3. Soumettez la tâche.