AMBER

Introduction

Amber désigne un ensemble d'applications pour effectuer des simulations en dynamique moléculaire, particulièrement avec les biomolécules. Chacune des applications porte un nom différent, mais l'ensemble fonctionne plutôt bien et constitue un outil puissant pour effectuer plusieurs calculs usuels.

Charger Amber 20

La version gratuite de AmberTools20 est disponible sur toutes les grappes.

module load StdEnv/2020 gcc/9.3.0 ambertools/20

Charger Amber 18

Toutes les grappes offrent maintenant les versions 18 et 18.10-18.11.

Versions sans GPU

module load gcc/5.4.0 openmpi/2.1.1 amber/18 scipy-stack/2019a

ou

module load gcc/5.4.0 openmpi/2.1.1 amber/18.10-18.11 scipy-stack/2019a

Versions avec GPU

module load gcc/5.4.0  cuda/9.0.176  openmpi/2.1.1 amber/18 scipy-stack/2019a

ou

module load gcc/5.4.0  cuda/9.0.176  openmpi/2.1.1 amber/18.10-18.11 scipy-stack/2019a

Problèmes connus

Le module AMBER/18-10-18.11 ne fournit pas des calculs MMPBSA fiables; utilisez plutôt les modules AMBER/18 ou AMBER/16.

Charger Amber 16

Amber 16 est présentement disponible uniquement sur Graham en raison de contraintes de licence. Pour charger le module, utilisez la commande

[name@server $] module load amber/16 

Cette version n'offre pas toutes les fonctionnalités Python.

Soumettre des tâches

Pour des renseignements généraux sur la soumission d'une tâche, consultez Exécuter des tâches.

Dans les exemples qui suivent, modifiez la commande module load comme indiqué dans les exemples précédents pour utiliser la version la plus récente.

L'exemple suivant est un script SANDER pour une tâche en série. Les fichiers d'entrée sont in.md, crd.md.23, prmtop.

File : amber_serial.sh

#!/bin/bash
 #SBATCH --ntasks=1             # 1 cpu, serial job
 #SBATCH --mem-per-cpu=2G       # memory per cpu
 #SBATCH --time=00-01:00        # time (DD-HH:MM)
 #SBATCH --output=cytosine.log  # .log file from scheduler
 module load amber/16
 sander -O  -i in.md  -c crd.md.23  -o cytosine.out

L'exemple suivant est un script SANDER mysub.sh pour une tâche en parallèle.

File : amber_parallel.sh

#!/bin/bash
 #SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=32  # 1 node with 32 cpus, MPI job
 #SBATCH --mem-per-cpu=2G                # memory, should be less than 4G
 #SBATCH --time=00-01:00                 # time (DD-HH:MM)
 #SBATCH --output=sodium.log             # output .log file
 module load amber/16
 srun sander.MPI -ng 2 -groupfile groups

Le script peut être modifié selon les besoins en ressources de calcul d'une tâche (consultez Exécuter des tâches).

Exemples

Voyez les fichiers *.sh et les fichiers en entrée pour Graham sur

/home/jemmyhu/tests/test_Amber/