AMBER

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Introduction

Amber désigne un ensemble d'applications pour effectuer des simulations en dynamique moléculaire, particulièrement avec les biomolécules. Chacune des applications porte un nom différent, mais l'ensemble fonctionne plutôt bien et constitue un outil puissant pour effectuer plusieurs calculs usuels.

Utiliser Amber16 sur Graham

Amber16 est présentement disponible uniquement sur Graham en raison de contraintes de licence. Pour charger le module Amber16, utilisez la commande

[name@server $] module load amber/16 

Soumettre des tâches

Pour des renseignements généraux sur la soumission d'une tâche, consultez Exécuter des tâches.

L'exemple suivant est un script SANDER pour une tâche en série. Les fichiers d'entrée sont in.md, crd.md.23, prmtop.

File : amber_serial.sh

#!/bin/bash
 #SBATCH --ntasks=1             # 1 cpu, serial job
 #SBATCH --mem-per-cpu=2G       # memory per cpu
 #SBATCH --time=00-01:00        # time (DD-HH:MM)
 #SBATCH --output=cytosine.log  # .log file from scheduler
 module load amber/16
 sander -O  -i in.md  -c crd.md.23  -o cytosine.out

L'exemple suivant est un script SANDER mysub.sh pour une tâche en parallèle.

File : amber_parallel.sh

#!/bin/bash
 #SBATCH --nodes=1 --ntasks-per-node=32  # 1 node with 32 cpus, MPI job
 #SBATCH --mem-per-cpu=2G                # memory, should be less than 4G
 #SBATCH --time=00-01:00                 # time (DD-HH:MM)
 #SBATCH --output=sodium.log             # output .log file
 module load amber/16
 srun sander.MPI -ng 2 -groupfile groups

Le script peut être modifié selon les besoins en ressources de calcul d'une tâche (consultez Exécuter des tâches).

Exemples

Voyez les fichiers *.sh et les fichiers en entrée pour Graham sur

/home/jemmyhu/tests/test_Amber/