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Dans le cas de simulations en dynamique moléculaire, le calcul des interactions de paires entre particules occupe la plus grande part du temps CPU. LAMMPS utilise la méthode de décomposition des domaines pour répartir le travail aux processeurs disponibles en assignant à chacun une partie de la boîte de simulation. Il est nécessaire que les processeurs communiquent entre eux pendant le calcul des interactions entre particules. Pour un nombre déterminé de particules, plus le nombre de processeurs est élevé, plus il y a de parties à la boîte de simulation qui s’échangent de l’information. Ainsi, plus il y a de processeurs, plus longue est la durée du temps de communication, ce qui cause éventuellement la faible efficacité du CPU.