DL POLY

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Généralités

DL_POLY est un logiciel classique de simulation en mécanique moléculaire. Sa conception permet de l’utiliser avec un ordinateur à processeur unique ou avec un ordinateur parallèle haute performance. DL_POLY_4 permet des opérations I/O entièrement parallèles et une alternative NetCDF (avec dépendance à une bibliothèque HDF5) aux fichiers de trajectoire ASCII par défaut.

Pour plus d'information sur l'historique de DL-POLY, sa conception et son utilisation, consultez le site web du projet.

Licence

Pour utiliser DL_POLY sur les grappes de Calcul Canada, vous devez vous enregistrer sur http://www.scd.stfc.ac.uk/SCD/40526.aspx et faire parvenir au soutien technique le message de confirmation qui débute habituellement comme suit :

Dear xxxx,
You have registered for a free copy of the DL_POLY_4 program and thus
accepted the terms and conditions of the DL_POLY_4 ACADEMIC LICENCE!
...

Modules

Pour connaître les versions disponibles, lancez module spider dl_poly. La commande module est décrite dans la page Utiliser des modules.

Une des options de chargement d’un module est

module load nixpkgs/16.09 intel/2018.3 openmpi/3.1.2 dl_poly4/4.08


L’interface graphique Java n’est pas offerte.

Références principales

Scripts et exemples

Les fichiers d’entrée CONTROL et FIELD proviennent de l’exemple TEST01 téléchargée à partir de DL_POLY examples.

Pour lancer une simulation, il faut au moins les trois fichiers suivants :

  • CONFIG: boîte de simulation (coordonnées atomiques),
  • FIELD: paramètres de champs de force,
  • CONTROL: paramètres de simulation (pas, nombre d’étapes, ensemble de simulation, etc.).


File : CONTROL

SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS)

restart scale
temperature           500.0
equilibration steps   20
steps                 20
timestep              0.001

cutoff                12.0
rvdw                  12.0
ewald precision       1d-6  

ensemble nvt berendsen 0.01

print every           2
stats every           2
collect
job time              100
close time            10

finish


File : FIELD

SODIUM CHLORIDE WITH EWALD SUM (27000 IONS)
units internal
molecular types 1
SODIUM CHLORIDE
nummols 27
atoms 1000
Na+          22.9898         1.0  500
Cl-           35.453        -1.0  500
finish
vdw    3 
Na+     Na+     bhm      2544.35      3.1545      2.3400   1.0117e+4   4.8177e+3
Na+     Cl-     bhm      2035.48      3.1545      2.7550   6.7448e+4   8.3708e+4
Cl-     Cl-     bhm      1526.61      3.1545      3.1700   6.9857e+5   1.4032e+6
close


File : run_serial_dlp.sh

#!/bin/bash

#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2500M      # memory; default unit is megabytes.
#SBATCH --time=0-00:30           # time (DD-HH:MM).

# Load the module:

module load nixpkgs/16.09 intel/2018.3 openmpi/3.1.2 dl_poly4/4.08

echo "Starting run at: `date`"

dlp_exec=DLPOLY.Z

${dlp_exec}

echo "Program finished with exit code $? at: `date`"


File : run_mpi_dlp.sh

#!/bin/bash

#SBATCH --account=def-someuser
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2500M      # memory; default unit is megabytes.
#SBATCH --time=0-00:30           # time (DD-HH:MM).

# Load the module:

module load nixpkgs/16.09 intel/2018.3 openmpi/3.1.2 dl_poly4/4.08

echo "Starting run at: `date`"

dlp_exec=DLPOLY.Z

srun ${dlp_exec}

echo "Program finished with exit code $? at: `date`"



Logiciels connexes

Message Passing Interface