ORCA

From CC Doc
Jump to navigation Jump to search
This page is a translated version of the page ORCA and the translation is 100% complete.
Other languages:
English • ‎français


Introduction

ORCA est un logiciel d'utilisation générale en chimie quantique qui offre souplesse, efficacité et facilité d'utilisation; l'outil est particulièrement utile pour la modélisation des propriétés spectroscopiques de molécules à couches de valence non remplie. ORCA permet d'employer un grand nombre de méthodes dont la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) et autres méthodes semi-empiriques ainsi que des méthodes ab initio de corrélation simple ou multiple. L'outil traite également les effets environnementaux et relativistes.

Droit d'utilisation

Pour utiliser les modules exécutables ORCA<&nbsp>:

  1. Remplissez le formulaire d'inscription que vous trouverez sur https://orcaforum.kofo.mpg.de/.
  2. Vous recevrez par courriel un premier message pour confirmer votre adresse de courriel et activer le compte; suivez les directives de ce courriel.
  3. Quand votre inscription sera faite, vous recevrez un deuxième courriel avec la mention registration for ORCA download and usage has been completed.
  4. Faites parvenir une copie du deuxième courriel au soutien technique.

Utilisation

Pour les versions disponibles, lancez module spider orca. Pour les détails en rapport avec un module spécifique (incluant les directives pour l'ordre dans lequel charger les modules), utilisez le nom complet du module, par exemple module spider orca/4.0.1.2.

Pour les directives générales, consultez Utiliser des modules.

Soumettre des tâches

Pour les directives générales, consultez Exécuter des tâches.

NOTE : Si certains exécutables ORCA présentent des problèmes avec MPI, vous pouvez essayer de définir les variables suivantes :

export OMPI_MCA_mtl='^mxm'
export OMPI_MCA_pml='^yalla'

Le script suivant exécute la tâche MPI run_orca.sh.


File : run_orca.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --account=def-youPIs
#SBATCH --ntasks=8                 # cpus, the nprocs defined in the input file
#SBATCH --mem-per-cpu=3G           # memory per cpu
#SBATCH --time=00-03:00            # time (DD-HH:MM)
#SBATCH --output=benzene.log       # output .log file

module load StdEnv/2020  gcc/9.3.0  openmpi/4.0.3
module load orca/4.2.1
$EBROOTORCA/orca benzene.inp


Voici un exemple du fichier d’entrée benzene.inp :

File : benzene.inp

# Benzene RHF Opt Calculation
%pal nprocs 8 end
! RHF TightSCF PModel
! opt

* xyz 0 1
     C    0.000000000000     1.398696930758     0.000000000000
     C    0.000000000000    -1.398696930758     0.000000000000
     C    1.211265339156     0.699329968382     0.000000000000
     C    1.211265339156    -0.699329968382     0.000000000000
     C   -1.211265339156     0.699329968382     0.000000000000
     C   -1.211265339156    -0.699329968382     0.000000000000
     H    0.000000000000     2.491406946734     0.000000000000
     H    0.000000000000    -2.491406946734     0.000000000000
     H    2.157597486829     1.245660462400     0.000000000000
     H    2.157597486829    -1.245660462400     0.000000000000
     H   -2.157597486829     1.245660462400     0.000000000000
     H   -2.157597486829    -1.245660462400     0.000000000000
*


Notes

  • Pour que le programme fonctionne efficacement et utilise toutes les ressources ou les cœurs requis par votre tâche, ajoutez la ligne %pal nprocs <ncores> end au fichier en sortie, comme dans l'exemple ci-dessus. Remplacez <ncores> par le nombre de cœurs que vous avez spécifié dans votre script.

(2019-09-06) Correctif temporaire au sujet de l'incohérence des versions OpenMPI

Lors de certains types de calculs (en particulier DLPNO-STEOM-CCSD), il est possible que des erreurs critiques surviennent. Ceci pourrait se produire si vous utilisez une version moins récente de OpenMPI (par exemple 3.1.2 comme suggéré par 'module' pour orca/4.1.0 et 4.2.0) que celle officiellement recommandée (soit 3.1.3 pour orca/4.1.0 et 3.1.4 pour orca/4.2.0). Pour résoudre ce problème, vous pouvez personnaliser la version de OpenMPI.

Les deux commandes suivantes personnalisent openmpi/3.1.4 pour orca/4.2.0 :

       module load gcc/7.3.0
       eb OpenMPI-3.1.2-GCC-7.3.0.eb --try-software-version=3.1.4

Une fois ceci terminé, chargez openmpi avec module :

       module load openmpi/3.1.4

Vous pouvez maintenant installer manuellement les binaires orca/4.2.0 à partir du forum officiel dans le répertoire /home, après avoir effectué l'enregistrement dans le forum ORCA officiel et avoir obtenu l'accès à l'application ORCA sur les grappes de Calcul Canada.


Autres notes de l'auteur :

Ce correctif peut être appliqué dans l'attente de la mise à jour officielle de OpenMPI sur nos grappes. Une fois que cette mise à jour aura été faite, n'oubliez pas de supprimer les binaires installés manuellement.

La commande de compilation ne semble pas s'appliquer à openmpi/2.1.x.